Si bien la velocidad de sincronización es 1/200, el flash dura mucho menos, del orden de 1/1000seg, con lo cual es equivalente a tener un disparo de 1/1000. El resto del tiempo que el obturador está abierto está captando luz ambiente, pero si la luz ambiente es poca no termina sumando nada (en tu caso usabas iso 6400 con la luz continua, si ahora trabajás con iso 100 de esa luz continua no vas a capturar nada, eso sÃ, la luz continua te va a servir para ver para encuadrar y enfocar).
Está la posibilidad de sincronización a más alta velocidad, en nikon la llaman HSS (high sincro speed), en ese caso el flash hace un disparo largo y en el medio está el disparo de la cámara que va a captar solo parte del tiempo que está iluminando el flash, pero eso se usa para otra cosa, es para poder disparar con tiempos cortos de forma de que una luz ambiente significativa que quizás capturabas en 1/200" no quede registrada porque ahora disparas a 1/2000". No se si la nikon 5300 permite HSS.
¿te fijaste la guÃa "lighting 101"? Está en inglés y en castellano, tiene mucha info útil para iluminar con flashes.
Me da mucha curiosidad cómo haces para enfocar un insecto en vuelo en macro.